La MSA gère des fonds publics :

• affiliation des individus et des entreprises en fonction de leur activité;
• distribution des différentes prestations famille, logement, maladie, retraite, accidents du travail;
• encaissement des cotisations.

Elle doit donc s'assurer de la bonne application et du respect des textes réglementaires. Afin de remplir cette mission, elle use de son droit de contrôle qui lui permet de rendre compte d'une gestion conforme aux attentes des pouvoirs publics, des particuliers et des entreprises.

Ses contrôleurs, agréés et assermentés, ont les mêmes pouvoirs et bénéficient de la même protection que les inspecteurs du travail et les contrôleurs du travail placés sous l'autorité du ministre chargé de l'Agriculture.

C'est le conseil d'administration de la caisse qui, chaque année, fixe les objectifs de contrôle et valide les actions à mener dans le secteur agricole.